企業自查補交增值稅會計科目處理,一般按照以下步驟來處理: 1. 補交增值稅應繳稅款：在稅務機關收取補交增值稅應繳稅款時，企業應當憑增值稅申報表中未納稅額，繳納補交增值稅應繳稅款。 2. 會計處理：以補交增值稅的實際繳稅金額憑增值稅申報表未納稅額為基礎，在應交稅費科目下記錄補交增值稅應繳稅款，同時在增值稅銷售額減征額科目下記錄未納稅額。 3. 申報：按稅收征收管理法規，準確填報各期申報表，并及時報稅務機關審核備案。