增值稅發票勾選認證流程如下： 1、打開增值稅發票綜合服務平臺； 2、插入稅控器具—輸入稅控器具密碼—點擊登錄； 3、進入界面—選擇認證稅款所屬期—點擊進入； 4、點擊抵扣勾選，選擇發票抵扣勾選； 5、點擊查詢—勾選需要認證的發票—點擊提交； 6、在彈出的對話框中點擊確定； 7、點擊抵扣勾選統計； 8、點擊申請統計； 9、確定申請生成統計報表； 10、確認發票勾選清單無誤后—點擊確認； 11、在跳出的發票確認匯總對話框中再次選擇確認。