（1）A注冊會計師在歸整審計檔案時存在問題。根據審計工作底稿準則，注冊會計師在審計報告日后將審計工作底稿歸整為最終審計檔案，屬于審計工作的組成部分。在歸整審計檔案時，A注冊會計師不應刪除或廢棄任何審計工作底稿。因此，A注冊會計師在完成審計業務后，于5月15日將審計工作底稿歸整為最終審計檔案時，不應擅自刪除或廢棄任何審計工作底稿。 （2）A注冊會計師在歸整審計檔案后私下修改審計工作底稿也存在問題。審計工作底稿是審計證據的載體，是注冊會計師在審計過程中形成的審計工作記錄和獲取的資料。在審計報告日后，注冊會計師發現例外情況要求實施新的或追加審計程序，或導致注冊會計師得出新的結論，需要變動審計工作底稿時，應當記錄實施的程序、獲取的證據，以及作出的結論。但是，A注冊會計師在意識到甲公司存在舞弊行為后，私下修改了部分審計工作底稿，這違反了審計準則中關于審計工作底稿的修改要求。 （3）ABC會計師事務所在保存審計工作底稿方面也存在問題。根據會計師事務所質量控制準則，會計師事務所應當制定政策和程序，以使審計工作底稿能夠反映審計計劃、審計程序、審計證據和結論，以及為審計意見提供充分支持的細節。同時，審計工作底稿應當妥善保存，確保完整性和安全性。然而，A注冊會計師擅自銷毀了甲公司的審計工作底稿，違反了這一要求。 對于ABC會計師事務所而言，應當對審計工作底稿實施以下控制程序： 建立完善的審計工作底稿管理制度，明確底稿的歸檔、保管、借閱和銷毀等程序。 確保審計工作底稿的完整性和安全性，防止底稿被擅自修改或銷毀。 定期對審計工作底稿進行復核和檢查，確保其符合審計準則和質量控制準則的要求。 對違反審計工作底稿管理制度的行為進行嚴肅處理，確保制度的有效執行。