合伙企業的股東如果不選擇享受經營所得的5000元的扣除，確實可能相對于選擇扣除的股東在稅負上會略高一些。因為扣除額可以減少應納稅所得額，從而可能減少所需繳納的稅款。所以，通常情況下，如果條件允許，選擇扣除會更有利于減輕稅負。