增值稅轉入應交稅費的待認證進項稅額，如果長時間不進行認證，可能導致稅務機關懷疑其真實性，從而進行稅務檢查。此外，如果認證不及時，也可能影響企業的現金流管理和稅負優化。因此，建議定期檢查并及時處理這些待認證的進項稅額，以避免潛在的稅務風險。