一般納稅人企業，在電子稅務局里面發現有一些2017年以后年對方開的紙質發票未拿來做賬，而且也未進行勾選認證。企業說的是那些紙質發票找不到了，所以沒有拿給會計做賬也未勾選認證。因為會計是代理記賬會計，當時開票及勾選系統都在企業自己手里，會計根本沒有發現這個問題，現在企業要注銷了，該怎么辦？