是通過農民工專戶代發的。我雖不需再發，但我開20W的票，是不是虧了

沒有虧。比如你有20萬的收入，你應該收甲方的，但是甲方沒有給你錢，直接代替你支付工資了。

應收20主收則為18稅2，主成為20 （主收和稅為假設）

這不是虧嗎

那你就不全額確認收入了。另外的兩萬就屬于其他應付款。等確認收入的時候再沖減這個其他應付款。

這個是根據你的實際情況來處理的。