承包人已經先代付了勞務費

先行代付了。那你們約定就是抵扣這個錢了嗎？有協議約定嗎？

有協議約定委托支付

那就可以呀，就是把代替支付的那一部分直接扣下來就行了。

然后對方代替你們支付的時候，你們記入其他應付款，后面扣款的時候直接往來對沖就可以了。

那這部分要怎么做分錄呢，先做其他應收款，等發票來了再做在成本嗎

這筆業務已經發生了，就正常進入成本。 沒有付款的記錄，應付賬款代替付款的計入其他應付款。發票晚一點回來也可以的。