針對進口企業委托代理企業進口貨物并代付貨款產生的付匯手續費，若代理企業不開發票，貴司仍應依據實際發生的費用進行入賬。建議記錄為其他應付款或相關費用科目，并保留相關憑證備查。同時，與代理企業溝通，爭取獲取合規發票，確保財務合規性。