一、1999年7月，財政部、國家稅務總局發布了《關于中關村科技園區軟件開發生產企業有關稅收政策的通知》及《關于中關村科技園區軟件開發生產企業有關稅收政策的通知》。北京市國家稅務局在以京國稅[1999]147號文件轉發這兩份文件時明確規定：符合規定條件的軟件開發生產企業增值稅一般納稅人（以下簡稱軟件納稅人），對其自行開發或自行開發生產的軟件產品，可選擇按6％的征收率計算繳納增值稅（以下簡稱簡易計稅辦法）。軟件納稅人選擇簡易計稅辦法后，在一個公歷年度內不得變更，選擇簡易計稅辦法計算繳納增值稅的軟件產品，其相應的進項稅額不得抵扣。需開具增值稅專用發票時，應按6％的征收率開具增值稅專用發票。

　　對軟件納稅人自行開發或自行開發生產的軟件產品，經主管稅務機關審核確認，從次月起，按6％的征收率征收增值稅。

　　對選擇按簡易計稅辦法繳納增值稅的軟件納稅人兼營其他貨物或應稅勞務，或將軟件產品隨同計算機網絡、計算機硬件、機器設備一并銷售的，應按規定分別核算不同稅率、征收率產品的銷售額，分別按適用稅率或征收率計算繳納增值稅并開具增值稅專用發票。

　　軟件產品所發生的進項稅額不得抵扣，如不能準確劃分，應按以下順序確定當期不得抵扣的進項稅額：

　　1.按當期實際生產成本計算應扣減的進項稅額；

　　2.按銷售額比例法計算應扣減的進項稅額。

　　二、1999年6月，為貫徹落實《國務院關于建設中關村科技園區有關問題的批復》（國函[1999]45號）的精神，北京市國家稅務局、地方稅務局根據《財政部、國家稅務總局關于中關村科技園區軟件開發生產企業有關稅收政策的通知》（財稅字[1999]192號）的規定，就中關村高科技園區內的軟件開發生產企業享受有關稅收優惠政策制定了具體執行辦法。

　　辦法規定，對北京市中關村高科技園區內的一般納稅人銷售其自行開發生產的計算機軟件產品，由當地主管稅務機關會同科技主管部門認定批準后，可按簡易辦法依照6％的征收率計算繳納增值稅，并可按6％的征收率開具增值稅專用發票。計算機軟件產品是指記載有計算機程序及其有關文檔的存儲介質（包括軟盤、硬盤和光盤等）；

　　對經國家版權局注冊登記，在銷售時一并轉讓著作權、所有權的計算機軟件征收營業稅；對未經國家版權局注冊登記或未轉讓著作權、所有權的計算機軟件銷售業務一律征收增值稅；對隨同計算機網絡、計算機硬件、機器設備等一并銷售的軟件產品，應當分別核算銷售額。如果未分別核算或核算不清，應按照計算機網絡、計算機硬件、機器設備的適用稅率征收增值稅。

　　三、為貫徹落實《財政部、國家稅務總局關于貫徹落實中共中央國務院關于加強技術創新發展高科技實現產業化的決定有關稅收問題的通知》精神，1999年11月，北京市國家稅務局作出規定（京國稅[1999]183號）：

　　（一）企業自行開發、自行開發并生產或專門生產，且符合下列條件之一的軟件產品，可以申請享受增值稅即征即退優惠政策（以下簡稱即征即退政策）：

　　1.在國家版權局注冊登記，持有國家版權局頒發的《計算機軟件著作權登記證書》的軟件產品；

　　2.持有北京市軟件企業和軟件產品認證小組頒發的《軟件產品證書》的軟件產品；

　　3.根據國家有關部委下達的研制開發項目、任務書或計劃，研制開發、生產，并具備部級（含部級）以上有關部門鑒定證書的軟件產品；

　　4.購買軟件產品版權、使用許可權（指持有國家版權局頒發的《計算機軟件權利轉移備案證書》或購銷雙方簽定的軟件使用許可權轉讓合同、協議的軟件產品）并自行生產的軟件產品。

　　（二）軟件開發生產企業增值稅一般納稅人（以下簡稱軟件納稅人），兼營其他貨物或應稅勞務，或單獨計價的軟件產品隨同計算機網絡、計算機硬件、機器設備一并銷售的，應按財政部、國家稅務總局財稅字[1999]273號通知第一條第（三）款規定，分別核算銷售額、銷項稅額；為準確計算應退稅款，軟件納稅人應單獨核算享受即征即退政策軟件產品的當期進項稅額，對無法準確劃分的，應按以下順序確定：

　　1.按當期實際生產成本計算；

　　2.按銷售額比例法計算。

　　（三）軟件納稅人銷售符合本條第（一）款規定的軟件產品，可按軟件產品的規定稅率開具增值稅專用發票（以下簡稱專用發票）。對隨同計算機網絡、計算機硬件、機器設備一并銷售的軟件產品，應在發票（包括專用發票和普遍發票，下同）上單獨開具軟件產品的銷售額，或單獨開具發票。對軟件納稅人未按本規定開具發票的，其軟件產品應按規定稅率計算繳納增值稅，不得享受即征即退政策。

　　四、2000年9月，財政部、國家稅務總局、海關總署聯合發出《關于鼓勵軟件產業和集成電路產業發展有關稅收政策問題的通知》（財稅[2000]25號）。通知規定：

　　（一）自2000年6月24日起至2010年底以前，對增值稅一般納稅人銷售其自行開發生產的軟件產品，按17％的法定稅率征收增值稅后，對其增值稅實際稅負超過3％的部分實行即征即退政策。增值稅一般納稅人將進口的軟件進行轉換等本地化改造后對外銷售，其銷售的軟件可按照自行開發生產軟件產品的有關規定享受即征即退的稅收優惠政策。

　　（二）對經認定的軟件生產企業進口所需的自用設備，以及按照合同隨設備進口的技術（含軟件）及配套件、備件，不需出具確認書、不占用投資總額，除國務院國發[1997]37號文件規定的《外商投資項目不予免稅的進口商品目錄》和《國內投資項目不予免稅的進口商品目錄》所列商品外，免征關稅和進口環節增值稅。

　　（三）集成電路設計企業視同軟件企業，享受軟件企業的有關稅收政策。

　　為鼓勵集成電路產業發展，通知還規定：

　　（一）自2000年6月24日起至2010年底以前，對增值稅一般納稅人銷售其自行生產的集成電路產品（含單晶硅片），按17％的法定稅率征收增值稅后，對其增值稅實際稅負超過6％的部分實行即征即退政策。

　　企業自營出口或委托、銷售給出口企業出口的集成電路產品，不適用增值稅即征即退辦法。

　　（二）投資額超過80億元人民幣或集成電路線寬小于0.25um的集成電路生產企業，可享受以下稅收優惠政策：

　　1.按鼓勵外商對能源、交通投資的稅收優惠政策執行；

　　2.進口自用生產性原材料、消耗品，免征關稅和進口環節增值稅。

　　（三）對經認定的集成電路生產企業引進集成電路技術和成套生產設備，單項進口的集成電路專用設備與儀器，除國務院國發[1997]37號文件規定的《外商投資項目不予免稅的進口商品目錄》和《國內投資項目不予免稅的進口商品目錄》所列商品外，免征關稅和進口環節增值稅。

　　（四）增值稅一般納稅人在銷售計算機軟件、集成電路（含單晶硅片）的同時銷售其他貨物，其計算機軟件、集成電路（含單晶硅片）難以單獨核算進項稅額的，應按照開發生產計算機軟件、集成電路（含單晶硅片）的實際成本或銷售收入比例確定其應分攤的進項稅額。

　　（五）軟件企業和集成電路生產企業實行年審制度，年審不合格的企業，取消其軟件企業或集成電路生產企業的資格，并不再享受有關稅收優惠政策。

　　通知規定，文件未明確生效時間的政策，一律從2000年7月1日起開始執行。此前規定與本通知有抵觸的，以本通知為準。

　　五、關于鼓勵軟件產業和集成電路產業發展有關稅收政策問題，北京市國家稅務局在轉發《財政部、國家稅務總局、海關總署關于鼓勵軟件產業和集成電路產業發展有關稅收政策問題的通知》（財稅[2000]25號）時補充規定，自2000年7月1日起，執行以下規定，此前與本規定相抵觸的，一律以本通知規定為準。

　　（一）增值稅一般納稅人（以下簡稱一般納稅人）自行開發、自行開發并生產或專門生產，符合下列條件之一的軟件產品，集成電路產品可以申請享受增值稅即征即退優惠政策（以下簡稱即征即退政策）：

　　1.持有國家版權局頒發的《計算機軟件著作權登記證書》，并經主管稅務機關審核同意的軟件產品；

　　2.持有北京市軟件企業和軟件產品認證小組頒發的《軟件產品證書》，并經主管稅務機關審核同意的軟件產品（在財政部、國家稅務總局、市政府對軟件產品具體管理辦法下發之前，本市自行開發生產軟件產品的審核確認工作暫由北京市軟件企業和軟件產品認證小組辦理）；

　　3.根據國家有關部委下達的研制開發項目、任務書或計劃，研制開發、生產，并具備部級（含部級）以上有關部門鑒定證書，并經主管稅務機關審核同意的軟件產品；

　　4.購買軟件產品的版權、使用許可權（指持有國家版權局頒發的《計算機軟件權利轉移備案證書》或購銷雙方簽定軟件使用許可權轉讓合同、協議的軟件產品）自行生產，并經主管稅務機關審核同意的軟件產品；

　　5.經北京市軟件企業和軟件產品認證小組會同市國稅局研究確認的經過本地化改造的進口軟件產品；

　　6.經市政府確定的集成電路產品認證部門會同市國稅局研究確認的集成電路產品（含單晶硅片，下同）。

　　（二）申請享受即征即退的軟件產品、集成電路產品，其申請、審批程序：

　　1.一般納稅人生產銷售符合本條第（一）款第1-4項條件的軟件產品，在申請即征即退政策時，應如實填寫《軟件產品即征即退審核確認表》，連同本條第（一）款第1-4項所列證明材料，一并報送主管稅務機關。經主管稅務機關（流轉稅管理部門）審核批準后，將《軟件產品即征即退審核確認表》一份留存備查，一份連同上述證明材料，一并退還一般納稅人。

　　2.對經過本地化改造后再銷售的進口軟件產品，一般納稅人應向北京市軟件企業和軟件產品認證小組書面報送對原進口軟件產品進行重新設計、改進、轉換后的情況說明。經北京市軟件企業和軟件產品認證小組會同市國稅局研究確認后，由市國稅局書面通知各區、縣國稅局對其辦理即征即退手續。

　　3.一般納稅人銷售自行生產的集成電路產品，應向市政府確定的集成電路產品認證部門書面報送所生產集成電路產品所用主要原材料、生產工藝流程、產品用途的情況說明。經市政府確定的集成電路產品認證部門會同市國稅局研究、審核、確認并下發名單，由市國稅局通知各區、縣國稅局對其辦理即征即退手續。

　　（三）一般納稅人在銷售軟件產品的同時一并向購買方收取的培訓、維護等費用，應按現行增值稅有關價外費用的有關規定計算繳納增值稅，不享受即征即退政策。

　　（四）一般納稅人銷售符合本條第（一）款規定的軟件產品、集成電路產品，應一律開具銷售發票。在開具增值稅專用發票時，應按軟件產品、集成電路產品的規定稅率開具。對隨同計算機網絡、計算機硬件、機器設備或其他貨物一并銷售的軟件產品，應對軟件產品的銷售額單獨開具銷售發票。

　　（五）對既銷售軟件產品或集成電路產品、又銷售其他貨物及應稅勞務的一般納稅人，必須對其享受即征即退政策的內銷軟件產品或集成電路產品單獨核算銷售額，并單獨設置“應交稅金——應交增值稅”明細帳和“應交稅金——未交增值稅”明細帳，以核算享受即征即退政策的軟件產品或集成電路產品的銷項稅額、進項稅額、已交稅額、末交稅額等。對難以準確核算軟件產品或集成電路產品的進項稅額部分，按照財稅[2000]25號文件的規定計算分攤，并于月末從全部貨物及應稅勞務的“應交稅金——應交增值稅”明細帳轉入軟件產品或集成電路產品“應交稅金——應交增值稅”明細帳，軟件產品或集成電路產品帳戶借記“應交稅金——應交增值稅（進項稅額）”科目，全部貨物及應稅勞務帳戶貸記“應交稅金——應交增值稅（進項稅額轉出）”科目。上述軟件產品或集成電路產品應單獨填報《增值稅納稅申報表》申報納稅。