工程利潤率和毛利率都是衡量企業盈利能力的指標，但它們的計算方式和意義有所不同。

工程利潤率是指企業在完成某項工程項目后所獲得的凈利潤與該工程項目的總成本之比。通常用于評估企業在工程項目中的盈利能力，可以反映企業的工程管理水平和成本控制能力。

毛利率是指企業銷售產品或提供服務后所獲得的毛利潤與銷售收入之比。毛利率是評估企業經營能力的重要指標之一，可以反映企業的產品或服務質量、市場競爭力和成本控制能力。

因此，工程利潤率和毛利率的區別在于，前者是針對工程項目的盈利能力進行評估，后者是針對整個企業的經營能力進行評估。