所有員工工資全部都是3500，都沒繳稅，現金發放，稅局的系統會識別出來嗎

這個倒不會的，但是現在長期掛3500不交稅的公司逐漸列入重點稽查對象，所以建議你們公司還是正規起來，按正常交稅，為員工節約個稅是會對公司造成損失的，這個方法不妥。