員工報銷醫藥費應該進入應付賬款科目。在制定有關報銷的規定時，應將醫藥費報銷作為其中的一個內容。在報銷的時候，需要準備相關的費用清單，費用收據，報銷申請單，以及醫療機構的處方等資料，以便公司可以審核并將費用進入應付賬款科目中。 拓展知識：報銷醫藥費還要注意報銷的費用應該屬于自費或保險費用，根據不同情況準備不同的資料，若是保險費用，需要提供雙方簽字并蓋章的保險單據進行報銷。