首先，對于甲方的款項應當由A公司開具發票，B公司向A公司支付款項，A公司向B公司開具貸項發票。具體做賬要看A公司和B公司的記賬憑證，按照發票上的科目名稱和金額，記錄應收/應付帳款明細等信息，如果A公司想讓B公司為其開發票，那么A公司可以到B公司補齊相關的賬務憑證，并且在財務報表上同時記錄本期的款項收/付情況。 拓展知識：財務憑證的分類，常見的分類包括：收入憑證、支出憑證、轉賬憑證、內部調撥憑證和內部往來憑證等。