是的，進出口企業(yè)的貨運代理費的進項稅是可以退稅的。根據(jù)《中華人民共和國進出口稅則》，有關(guān)貨運代理費由出口企業(yè)支付，其進項稅可以退稅。此外，根據(jù)國家有關(guān)法律法規(guī)，對于對外投資企業(yè)購買外貿(mào)進出口貨物或服務(wù)，貨運代理費進項稅也可以退稅。