是的，進(jìn)出口企業(yè)的貨運(yùn)代理費(fèi)的進(jìn)項(xiàng)稅是可以退稅的。根據(jù)《中華人民共和國(guó)進(jìn)出口稅則》，有關(guān)貨運(yùn)代理費(fèi)由出口企業(yè)支付，其進(jìn)項(xiàng)稅可以退稅。此外，根據(jù)國(guó)家有關(guān)法律法規(guī)，對(duì)于對(duì)外投資企業(yè)購(gòu)買(mǎi)外貿(mào)進(jìn)出口貨物或服務(wù)，貨運(yùn)代理費(fèi)進(jìn)項(xiàng)稅也可以退稅。