同學您好，分公司注銷了還欠總公司的款一般情況有兩種處理方式： 1、分公司不具備獨立法人資格，其所有對外的債權債務均應由總公司承擔。但一般分公司都是相對獨立開展業務，在注銷時應由總公司對其進行清算，并接收其資產、債權和未了結的債務。通過清算形成清算報表，確認盈虧，并報當地主管稅務機關認可，總公司據此作相應的賬務處理； 2、總公司按合并報表的方式，以其凈資產（虧損額）與總公司賬面的撥款相抵并確認虧損。同時應將應承接的債權、債務一并并入總公司賬內。