實行計稅工資辦法后，允許企業稅前列支的或需要進行納稅調整的是指企業實際計入成本的工資總額。實行工效掛鉤辦法后，不少企業有以前年度工資結余，企業實際發放的工資總額有時可能大于企業實際從成本中提取的工資總額。例如企業實行工效掛鉤辦法后，企業按照兩個低于的原則和有關部門核定的工效掛鉤方案從成本中提取工資總額500萬元，本年度實際發放工資總額450萬元，工資基金結余50萬元，則允許稅前扣除的是500萬元，而不是450萬元；反過來，如果本年度從成本中提取工資總額500萬元，企業動用上年度工資基金結余50萬元，實際發放工資總額550萬元，則允許稅前扣除的仍是500萬元，而不是550萬元。