在營改增試點運行過程中，各方陸續反映了一些政策執行中出現的操作問題有待統一和明確。為此，稅務總局制定了《關于跨境應稅行為免稅備案等增值稅問題的公告》，明確了以下四個方面的問題：一是關于跨境應稅行為免稅備案的問題。明確了納稅人發生的跨境應稅行為在按照規定辦理免稅備案手續后，對相同業務無需再辦理備案手續，只需將有關免稅證明材料留存備查即可。
二是關于交通運輸業進項稅抵扣的問題。明確了納稅人以承運人身份與托運人簽訂運輸服務合同，收取運費并承擔承運人責任，并委托實際承運人完成全部或部分運輸服務時，自行采購并交給實際承運人使用的，用于委托實際承運人完成的運輸服務的成品油和支付的道路、橋、閘通行費，如相應取得合法有效的增值稅扣稅憑證，可按照現行規定抵扣進項稅額。
三是關于個人代開增值稅發票的問題。為方便對外出租不動產的其他個人（自然人）及時向承租方開具發票，提高承租方取得增值稅發票的比例，同時減輕租賃雙方負擔，公告明確個人可委托房屋中介、住房租賃企業等單位代其向主管地稅機關按規定申請代開增值稅發票。
四是關于貼現、轉貼現業務發票開具的問題。自2018年1月1日起，金融機構開展貼現、轉貼現業務，均以其實際持有票據期間取得的利息收入計算繳納增值稅。在上述政策變化后，為滿足貼現人全額索票的需求，明確貼現人在申請首次貼現索取發票時，貼現機構應按照票據貼現利息全額向貼現人開具增值稅普通發票，轉貼現機構按照轉貼現利息全額向貼現機構開具增值稅普通發票。
