一般來說，企業進行年度匯算清繳，大多按照如下程序來進行： 一、調賬。 具體調節項目有： 1、收入：核查企業收入是否全部入賬，特別是往來款項是否還存在該確認為收入而沒有入賬； 2、成本：核查企業成本結轉與收入是否匹配，是否真實反映企業成本水平； 3、費用：核查企業費用支出是否符合相關稅法規定，計提費用項目和稅前列支項目是否超過稅法規定標準； 4、稅收：核查企業各項稅款是否提取并繳納； 5、補虧：用企業當年實現的利潤對以前年度發生虧損的合法彌補（5年內）； 6、調整：對以上項目按稅法規定分別進行調增和調減后，依法計算本企業年度應納稅所得額，從而計算并繳納本年度實際應當繳納的所得稅稅額。 二、申報。 攜帶企業開展匯算清繳所需提供材料前往稅務部門提交。一般來說，這些材料主要包括： 1、企業財務、會計年度決算報表及其說明材料。包括資產負債表、損益表、現金流量表等有關財務資料； 2、企業與納稅有關的合同、協議書及憑證； 3、企業外出經營活動稅收管理證明和異地完稅憑證； 4、境內或者境外公證機構出具的有關證明文件； 5、主管稅務機關要求報送的其他有關證件、資料。 三、審核。 主管機關受理企業申請，并對企業報送的材料進行審核。若發現由主管稅務機關管理內容有變化的，要求納稅人提供變更依據；若發現納稅人申報有計算錯誤或漏項，將及時通知納稅人進行調整、補充；若審核無誤，則確定企業當年度應納所得稅額及應當補繳的企業所得稅款，或者對多繳的企業所得稅款加以退還或抵頂下年度企業所得稅。 四、清繳。 企業納稅人根據主管稅務機關確定的全年應納所得稅額及應補、應退稅額，年度終了后5個月內清繳稅款。至此，企業年度匯算清繳相關操作完成完成。